E-Commerce Site of  Bunshi, Inc., Japan. line methylalcohol Gaussian GaussView Sales & Community

Bunshi | Gaussian 09 | GaussView | NBO ver.5.9

 NBO Analysis:
arrow NBO ver. 5 and NBOView
GaussView:
arrow About Molecular Modeling arrow Modeling Demo
Gaussian 09:
arrow Sales Agent arrow User License
                  
 
 
Gaussian 09
ONIOM  
PBC
Weinhold/NBO
Solvent Effect
Link
Services
対称性
物性解析
タンパク構造
NBO support
Blog 

Gaussian 09 は発売されましたが、Gaussian 03 のライセンス契約は継続されています。 今後とも,GaussView ver.3 も継続使用してください。予算削減の折に、無理して Gaussian 09, GaussView ver.5 を購入する必要もない場合もあります。 今までのリソースを大事にして、新バージョン購入にこだわらずに、Gaussian, GaussView の機能を徹底的に使いこなすことが必要です。 そのために、本サイトでは、ソフト販売目的によらない量子化学の教育・研修を充実させていくことにしました。 右バーに 2010/09/28 講習会のご案内が掲載されています。 また、分子動力学計算プログラム Gromacs ver. 4 のセミナーも開催します。Gaussian 09 ONIOM のセミナーもやります。 量子化学とタンパク化学の垣根が消滅しました。 セミナー参加希望者は、下記のメニューを使って、とりあえず、ご連絡ください。至急に対応いたします。定員 20 人で閉めきります。 守備範囲を広げてプレゼンテーション技術のセミナーも始めました。

受講料 学部、大学院学生割引実施中 ひとり 21,000 円のところを今だけ 5,250 円。

  9/28 G09,GV Seminar   10/21 G09 ONIOM Seminar   11/11 Gromacs Seminar
  11/00 LaTeX Beamer Presentation Seminar:   Sample(PDF)   11/08 G09 NBO Seminar

Gaussian 09 が発売になりました。量子化学計算プログラム Gaussian 09 の完成度は更に高くなり、 科学プログラムとしては世界的に代表的なものになりました。Gaussian 09 を使うことで、 分子構造の精密な電子状態が解析できるようになり、医薬品構造解析にも必要になりました。最近ではハ−ドウェアが更に低価格になり、 Gaussian 09 の利用度は上がりました。Gaussian 09 を使う量子化学が比較的高分子領域まで適用が広がってきます。

新規納入は、Gaussian 09 になります。Gaussian 03 の出荷は停止になります。ただし、Gaussian 03 のライセンス契約は継続されます。 Gaussian 03, Gaussian 09 は、同じハ−ドウェアに実装して環境変数の設定で使い分けができます。 計算結果のバイナリ−のチェックポイントファイルは相互に互換性はないので、コマンド c8609 で変換する必要があります。 Gaussian 03 の結果より Gaussian 09 へ計算入力することができます。 TCP-Linda 8 はパラレルバ−ジョンの Gaussian 09 の動作に必要になることがあります。別にライセンス契約する必要があります。 Gaussian 09 は、IA32 などの Intel PC Linux で動作可能です。PGI Fortran compiler が必要になります。 古いバ−ジョンでも使用することができます。Gaussian Inc. の記事では、最新のバ−ジョンを示しているだけです。
Gaussian 09 のプログラムは、多くの部分で改良されています。新しいフォ−トランコンパイラ−に対応しようとしています。 IBM, DEC というレガシ−ともいえるコンパイラ−仕様から脱しています。 PGI Fortran には、よく対応しています。GNU g77 にも対応していますが、ほとんど紹介されていません。 サポ−ト体制によるものと思われます。

Gaussian 09 に対しては GaussView ver.5 が対応しています。古いバ−ジョンの GaussView で出力された Gaussian インプットファイルは、 Gaussian 09 にも入力できます。Gaussian 09 で出力されたファイルを古い GaussView で画像出力することも可能ですが、工夫をこらす必要があります。 GaussView ver. 5 のマニュアルは、右バ−のメニュ−からダウンロ−ドできます。

本サイトでは、Gaussian 80---Gaussian 09 までの 30 年間のノウハウを維持しています。今後とも技術の維持と継承に努めていきます。


Gaussian 09, GaussView ver. 5
セミナーのご案内 2010/9/28
格安受講料 21,000 円 20人までの小人数制 学生 5,250 円
今までは、大学などでのセミナーをやってきました。大学の研究者、学生に技術移転してきました。 これからは、一般的な場でセミナーをやっていくことにしました。 量子化学的解析法は理解が難しいといわれますが、わかりやすく入門することができます。 Gaussian 03 のユーザーもご参加ください。
申し込み Download
お問い合わせ

Intel/Windows では、64bit 製品がでています。Windows ユ−ザに期待をもたせています。Gaussian, Inc. Windows 版 Gaussian 09W は、 32bit コンパイラ−でコンパイルされている 32bit 版です。G09W は、Intel/Windows 64bit 製品ではコンパチブルで動作することは保証されています。 しかし、メモリ−は最大で 2GB しか取れません。スクラッチファイルは、最大で 2GB の大きさのものしか作れません。 このように、Windows 版 G09W では、機能的に制限があります。そこで、Linux 64bit 製品は期待できるでしょうか。 システムとして完成度は高くないようです。先走りは失敗になります。 商用ベンダ−による UNIX 64bit 製品による Gaussian 09 の動作は評価されています。 大学の量子化学研究には、いくつかのハ−ドウェアをそろえておく必要がありますが、 教職員、大学院生の先端研究用には 64bit 構成が必要になるでしょう。 広範囲な分子モデルを解析することができます。企業では、材料の精密な物性が解析できます。 2009 年以降は、エコロジ−に対応する材料開発が企業研究の最重要課題になっているのでしょう。 計算環境としてはわずかな投資です。ひとは必要です。コスト削減は出来ないのです。量子化学研究者が必要になります。

GaussView 5.0 では、CentOS 環境では動作に難点はありますが、なんとか使えるでしょう。

NBO ver. 5.9 は、Windows, Linux (Unix) 版では、異なる部分があります。テクニカルにやむを得ないところがあります。 Gaussian 09 の発売に対応して NBO ver. 5 が改変されて、NBO ver. 5.9 が開発されました。 できれば、Linux (Unix) 版の方が、忠実です。Linux は、使用者しだいで、使いこなす必要があります。NMR 解析では、UNIX 版がよいでしょう。 NBOView は、Linux, Unix 版と Windows 版では、 同じ機能です。Unix Gaussian 09 を使用するときは、Linux/Unix 版 NBOView がよいでしょうか。使い勝手は同じです。 現在の Linux 版は、OS 依存性があります。Fortran の一部変更で解決できる問題です。 NBO ver.5 は、GAMESS 版もあります。Gaussian 09 版とすこし異なります。GAMESS 版は Gaussian 09 版に含まれていない機能があります。 専門の研究者は知っていることでしょう。

Population 解析のひとつの Natural Bond Orbital (NBO) 解析にも焦点をあてました。NBO 解析は、Hartree-Fock, DFT 計算法に対応しています。 基底関数の使用に制限はあります。 Gaussian 09, GAMESS 版がありますが、機能が異なります。たとえば、前者では、SCF ダイレクト法に対応しています。 反対に、NBO Gaussian 09 版は、一部の機能が欠如しています。Windows で解析することもできますが、やり方はまったく違います。 UNIX NBO ver. 5.9 は、Fortran compiler が必要になり、ソ−スで Gaussian 09 がインスト−ルされていなければなりません。 バイナリ−版の Gaussian 09 では、NBO ver. 5.9 に更新できないので、ご注意ください。やや、複雑になります。 また、NBO Windows, Mac 版も、使い方は違います。NBO 解析プログラムは、1 CPU 対応です。

下の左の図は、CH3NH2 の NBO 軌道の図で、NBOView で出力したものです。中央は、ethane の軌道図で、右は、isobutane の HOMO 軌道図を示しており、 ともに、NBO ver. 5 で画像入力ファイルを作成して、NBOView で、レイトレ−シング Ray-Tracing 法による画像ファイルを作成します。 画像ファイル形式の選択で,HTML ファイルに貼り付けることができます。研究成果の公表に最適な画像を描くことができます。

Gaussian 09 は、NMR などの物性計算に適用され、 NBO 法は、NMR に応用され、Natural Chemical Shielding (NCS), Natural J-Coupling Analysis (NJC) が利用できます。

  UNIX 版とともに、Windows 対応の、NBO ver. 5.9 および NBOView は、日本において、当社より販売しております。 OS による事情で使い方がことなります。NBO 解析プログラムには、量子化学計算プログラム Gaussian 09 が必要になります。 Gaussian 09 に対しては NBO ver. 5.9 が開発されています。量子化学的なコ−ディングは ver. 5 のままですが、 Gaussian 09 のサブル−ティングにするために技巧的にプログラムを改変しています。 Gaussian 03/NBO ver. 5 を使っているユ−ザは、解析法は変わらないので、そのままで充分です。新たに Gaussian 09 で NBO ver.5 を使うときは、 NBO ver.5.9 が必要になるのです。GAMESS, HONDO で NBO ver. 5 を使っているときは、NBO ver. 5.9 は必要ありません。 Windows G09W を使うときは、NBO ver. 5.9 が必要になります。NBO ver. 5.9 の出力より NBOView を使うときは、バ−ジョンアップしてください。

一年間の e-mail と 電話によるテクニカルサポ−ト付きです。安心して、ご導入できますので、ご予定の研究室は、 計算機環境などによる使用方法などの予定について、このサイトの責任者までご相談ください。こちらから、メ−ルで返事をいたします。 バイナリ−版の Gaussian 09 を使っているときは、NBO ver. 5.9 は使えません。 NMR 解析では、Windows/UNIX(Linux) では出力内容がことなります。UNIX 版の利用が完全になります。 当社に、新規に UNIX ソ−ス版 Gaussian 09 をご注文されるときは、納入時に NBO ver. 5.9 が標準装備されます。

お問い合わせ

量子化学 Gaussian 09 関連ニュ−ス:

Gaussian 09 リリ−スされました。
Gaussian 09 has been released.  (more read)

Hitachi SR11000 & SR16000
Gaussian 09 は、 日立社製 SR11000モデル Power5 および SR16000モデル Power6 プラットフォ−ムで動作が確認されています。 これには、AIX fortran が使われています。完成度の高い 64bit 構成の技術計算用コンピュ−タです。 従来の 32bit 構成によるメモリ−とディスク使用制限が取り払われています。 国内利用の拡大が期待されます。 また、TCP Linda をリンクすることにより,ノ−ド間の高次のネットワ−ク利用により, Gaussian 09 の利用による量子科学研究の幅を広げています。物理学、化学、生物学の研究と材料設計になくてはならない機種になりました。
Gaussian 09 on a Hitachi SR11000 Power5 and a SR16000 Power6 platforms are well running. The program is compiled and linked by AIX fortran and cc compilers. There is no preblem.

SemiChem AMPAC 9
米国 SemiChem 社が AMPAC GUI を発売したが、これは Gaussian 09 にも利用されるものです。GaussView 5.0 は、 SemiChem 社の開発したものでので、Gaussian 09 の使用者は、GaussView を使えば十分です。
SemiChem AMPAC 9 is released. Its AGUI (synonym of AMPAC GUI) is compatible and used for Gaussian as well as AMPAC. In fact, GaussView 5.0 has come from the program by SemiChem. Users for both Gaussian 09 and AMPAC had better choose the AGUI. But, for Gaussian 09 users only, GaussView is the best. Original routines are the same.   (more read)

GaussView 5.0
GaussView 5.0 がリリ−スされましたが、新しい機能が加わっています。 Gaussian 09 に対応しています。Gaussian 09 の出力ファイルは、GaussView 5.0 に読みこめます。
A new version of GaussView, GaussView 5.0, has been released from Gaussian, Inc. GaussView is indispensable for Gaussian 09 users, especially in building complex Z-matrix coordinates and redundant coordinates and in presentation of molecular orbitals, electrostatic potential maps and others by reading Gaussian checkpoint files.

Linda
Linda は、Gaussian 09 の並行処理するためのル−テインです。このたび、Windows 版が発売されました。 Linda により、学部間のネットワ−クで、Gaussian 09 がマルチ CPU で利用できるようになりました。Gaussian 09 には、Linda の新しいバ−ジョンが必要です。
A Windows version of Linda is released, which is linked to Gaussian 09W. This method is related to Grid Computing.  (full story)

NBO ver. 5.9 with Gaussian 09 on Linux
NBO は、Gaussian 09 の Population analysis のル−テインです。 GNU g77 compiler を用いてコンパイルができました。NBO ver. 5 は、Gaussian 09 には使えません。
NBO ver. 5.9 and Gaussian 09 were compiled by GNU g77 compiler.

NBO ver. 5.9 on Windows with Gaussian 09 on Unix/Windows
Windows NBO は、Unix/Windows Gaussian 09 と連結して利用できます。
NBO ver. 5.9 on Windows is utilized with Gaussian 09 Unix and Windows versions.

arrow GaussView 5.0   arrow TCP-Linda between Different Nodes
NBO ver. 5 Manual
タンパクの量子化学計算の欠点と限界
タンパク質のホモロジ−モデリングの限界
arrow Gaussian 09 on Itanium2
OTHER NEWS:
2010/08/20: GROMACS 講習会
2010/08/10: 講習会を始めます。
2009/11/01: 本サイトをリニュ−アルしました。
2009/11/01: 国内の Gaussian 09 サイトで、NBO ver. 5.9 インスト−ルを開始しました。
2009/11/01: 国内の大学と民間企業に、NBO ver. 5.9 および NBOView の販売を開始しました。
2006/06/21: ハイブリッド量子化学計算、QM/MM, QM/MD 法を開始しました。
2006/07/03: バイオ、インダストリ−協会 に加盟いたしました。
 
 

Gaussian 09, GaussView ver. 5 セミナーのご案内 2010/9/28
13:00--16:30
21,000 円
学生 5,250 円
申し込み Download
お問い合わせ
講習会の詳細
日本語テキスト配布

G09 ONIOM
セミナーのご案内
2010/10/21
13:00--16:30
21,000 円
申し込み Download
お問い合わせ

G09 NBO
セミナーのご案内
2010/11/08
13:00--16:30
申し込み Download
お問い合わせ

MD GROMACS
小人数セミナー 2011/11/11
13:00--16:30
21,000 円
申し込み Download
お問い合わせ

UNIX/Windows 版 NBO ver. 5.9 NBOView 販売中

GaussView ver. 5 販売開始
Manual Download

Gaussian 09 の リリ−スで大幅に内容更新。Linux ユ−ザは注目。Linux
SponsorSite1
                   

   Web administrator is Tadao Fujita.
    About Us | Site Map | Privacy Policy | Terms & Conditions of Use | Contact Us
    © 2006--2010 Bunshi, Inc.  All Rights Reserved.