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Gaussian 09
ONIOM  
PBC
Weinhold/NBO
Solvent Effect
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対称性
物性解析
タンパク構造
NBO support

Gaussian 09 in 2009


Ggaussian 03 の後継の Gaussian 09 が発売になりました。Gaussian 09 の完成度は高いので、更新も手間がかかるようです。科学プログラムとしては代表的なものになりました。 分子構造の精密な電子状態が解析できるようになり、医薬品構造解析にも必要になりました。ハ−ドウェアが低価格になり、 Gaussian 09 の利用度は上がりました。量子科学が比較的高分子領域まで適用が広がってきます。範囲拡大はハ−ドウェアに依存します。
新規納入は、Gaussian 09 になります。Gaussian 03 の出荷は停止になります。ただし、Gaussian 03 のライセンス契約は継続されます。

Gaussian 09 は、主メモリ−とディスクスクラッチファイルを使い分けます。SCF 計算では、 Direct, SemiDirect 法があり、32 bit machine では主メモリ−を大きく取る計算法がよいでしょうか。 最近は、ハ−ドウェアが低価格になり、誰でも量子化学者になれるようになりました。 研究費の乏しい者でも、化学物理学者になれるチャンスは出てきました。 故湯川秀樹博士が、金がなかったので物理学者になったといっていたことを思い出します。 しかし、逆に量子化学者になることはきわめて困難になってきました。天才が求められています。 現状としては、Gaussian 09 のソ−スコ−ドが公開されて、日本の研究者には朗報なのです。 J. Pople の功績でしょうか。

Gaussian 09 を CentOS 系で使用されている研究機関では、動作結果を AIX 版などと比較したことがあるでしょうか。 コンパイル、リンクで、OS, Compiler の不一致があるときがあります。Gaussian 03 CentOS 系の動作は責任あるひとがチェックしているわけではありません。 PGI Compiler は、CentOS 系での動作保証はないようです。

GaussView 4.0 では、CentOS 環境では動作に難点はありますが、なんとか使えるでしょう。 Gaussian 09, GaussView を CentOS 系で使うときは、各研究機関で、正確に動作確認しておく必要があります。Gaussian, Inc. では動作保証をしていないのです。 Gaussian 09 のような科学技術計算プログラムでは、予算額から動作条件を決定できないのです。動作環境の信頼性が求められます。


日本の学術教育機関において、Linux Gaussian 09 ソ−スコ−ドでライセンス契約されているにも関わらず、 Gaussian 09 バイナリ−の実行モジュ−ルが、実際にインスト−ルされているサイトが多く目立ってきました。 量子化学研究は、ソ−スプログラムからコンパイル、リンクして実行モジュ−ルを立ち上げることを基本として、 国際的に標準的な学問体系を構築してきました。NBO 解析のプログラムの利用が広まってきました。 Gaussian 09 をカスタマイズするときに、ソ−スコ−ドが必要になります。 インスト−ルされているバイナリ−モジュ−ルを消去して、新たに立ち上げる必要があるでしょう。

NBO ver.5 は、Windows, Linux (Unix) 版では、異なる部分があります。テクニカルにやむを得ないところがあります。 できれば、Linux (Unix) 版の方が、忠実です。Linux は、使用者しだいで、使いこなす必要があります。NMR 解析では、UNIX 版がよいでしょう。 NBOView は、Linux, Unix 版と Windows 版では、 同じ機能です。Unix Gaussian 09 を使用するときは、Linux/Unix 版 NBOView がよいでしょうか。使い勝手は同じです。 現在の Linux 版は、OS 依存性があります。Fortran の一部変更で解決できる問題です。 NBO ver.5 は、GAMESS 版もあります。Gaussian 09 版とすこし異なります。

Population 解析のひとつの Natural Bond Orbital (NBO) 解析にも焦点をあてました。NBO 解析は、Hartree-Fock, DFT 計算法に対応しています。 基底関数の使用に制限はあります。 Gaussian 09, GAMESS 版がありますが、機能が異なります。たとえば、前者では、SCF ダイレクト法に対応しています。 反対に、NBO Gaussian 09 版は、一部の機能が欠如しています。Windows で解析することもできますが、やり方はまったく違います。 UNIX NBO ver. 5 は、Fortran compiler が必要になり、ソ−スで Gaussian 09 がインスト−ルされていなければなりません。 バイナリ−版の Gaussian 09 では、NBO ver. 5 に更新できないので、ご注意ください。やや、複雑になります。 また、NBO Windows, Mac 版も、使い方は違います。NBO 解析プログラムは、1 CPU 対応です。

下の左の図は、CH3NH2 の NBO 軌道の図で、NBOView で出力したものです。中央は、ethane の軌道図で、右は、isobutane の HOMO 軌道図を示しており、 ともに、NBO ver. 5 で画像入力ファイルを作成して、NBOView で、レイトレ−シング Ray-Tracing 法による画像ファイルを作成します。 画像ファイル形式の選択で,HTML ファイルに貼り付けることができます。研究成果の公表に最適な画像を描くことができます。

Gaussian 09 は、NMR などの物性計算に適用され、 NBO 法は、NMR に応用され、Natural Chemical Shielding (NCS), Natural J-Coupling Analysis (NJC) が利用できます。

 
UNIX 版とともに、Windows 対応の、NBO ver. 5 および NBOView は、日本において、当社より販売しております。 OS による事情で使い方がことなります。NBO 解析プログラムには、量子化学計算プログラム Gaussian 09 が必要になります。 一年間の e-mail と 電話によるテクニカルサポ−ト付きです。安心して、ご導入できますので、ご予定の研究室は、 計算機環境などによる使用方法などの予定について、このサイトの責任者までご相談ください。こちらから、メ−ルで返事をいたします。 当社に、新規に UNIX ソ−ス版 Gaussian 09 をご注文されるときは、納入時に NBO ver. 5 が標準装備されます。
お問い合わせ

量子化学 Gaussian 09 関連ニュ−ス:

Gaussian 09 リリ−スされました。
Gaussian 09 has been released.  (more read)

Hitachi SR11000
Gaussian 09 は、 日立社製 SR11000 Power5 プラットフォ−ムで動作が確認されています。これには、AIX fortran が使われています。 パフォ−マンスに優れています。トラブルは、まったく生じていません。国内利用の拡大が期待されます。 また、TCP Linda をリンクすることにより,高次のネットワ−ク利用により,Gaussian 09 の利用の拡大が期待されます。
Gaussian 09 on a Hitachi SR11000 Power5 platform is well running. The program is compiled and linked by AIX fortran and cc compilers. There is no preblem.

SemiChem AMPAC 9
米国 SemiChem 社が AMPAC GUI を発売したが、これは Gaussian 09 にも利用されるものです。GaussView は、 SemiChem 社の開発したものでので、Gaussian 09 の使用者は、GaussView を使えば十分です。
SemiChem AMPAC 9 is released. Its AGUI (synonym of AMPAC GUI) is compatible and used for Gaussian as well as AMPAC. In fact, GaussView has come from the program by SemiChem. Users for both Gaussian 09 and AMPAC had better choose the AGUI. But, for Gaussian 09 users only, GaussView is the best. Original routines are the same.   (more read)

GaussView 4.0
GaussView 4.0 がリリ−スされましたが、新しい機能が加わっています。
A new version of GaussView, GaussView 4.0, has been released from Gaussian, Inc. GaussView is indispensable for Gaussian 09 users, especially in building complex Z-matrix coordinates and redundant coordinates and in presentation of molecular orbitals, electrostatic potential maps and others by reading Gaussian checkpoint files.

Linda
Linda は、Gaussian 09 の並行処理するためのル−テインです。このたび、Windows 版が発売されました。 Linda により、学部間のネットワ−クで、Gaussian 09 がマルチ CPU で利用できるようになりました。
A Windows version of Linda is released, which is linked to Gaussian 09W. This method is related to Grid Computing.  (full story)

NBO ver.5 with Gaussian 09 on Linux
NBO は、Gaussian 09 の Population analysis のル−テインです。 GNU g77 compiler を用いてコンパイルができました。
NBO ver. 5 and Gaussian 09 were compiled by GNU g77 compiler.

NBO ver.5 on Windows with Gaussian 09 on Unix/Windows
Windows NBO は、Unix/Windows Gaussian 09 と連結して利用できます。
NBO ver. 5 on Windows is utilized with Gaussian 09 Unix and Windows versions.

arrow GaussView 4.0   arrow TCP-Linda between Different Nodes
NBO ver. 5 Manual
タンパクの量子化学計算の欠点と限界
タンパク質のホモロジ−モデリングの限界
arrow Gaussian 09 on Itanium2
OTHER NEWS:
2009/06/15: 国内の Gaussian 09 サイトで、NBO ver. 5 インスト−ルを開始しました。
2006/06/21: 国内の大学と民間企業に、NBO ver. 5 および NBOView の販売を開始しました。
2006/06/21: ハイブリッド量子化学計算、QM/MM, QM/MD 法を開始しました。
2006/07/03: バイオ、インダストリ−協会 に加盟いたしました。
2007/04/01: 本サイトをリニュ−アルしました。
 
 

UNIX/Windows 版 NBO ver. 5 NBOView 販売中

GaussView ver. 4 販売開始になりました。 購入は、メ−ルでお問い合わせください。
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Gaussian 09 の リリ−スで大幅に内容更新。Linux ユ−ザは注目。Linux
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