Wednesday, May 24, 2006, 06:33 PM
Frank Weinhold 研究室の NBO 開発メンバ−によってまとめられた、NBO ver. 5 マニュアルは、大部です。今までの、蓄積された解析方法が説明されています。一部は、ソフトに添付されていますが、個別に購入することができます。$100 + 送料がつきます。ソフトとともに、購入されるのがよいと思います。
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( 3 / 1984 )Tuesday, April 18, 2006, 10:03 AM
いままでの、TCP-Linda では、Gaussian 03 は、Gaussian 03 を起動したノ−ドにおいて、各 CPU をつかった並行処理計算をしていましたが、Gaussian 03 Revision D からは、ノ−ドをまたいで、CPU を使えるようになりました。
たとえば、理学部のノ−ド、rigakubu01, 工学部のノ−ド、kogakubu02 としたときに、つぎのように、これらの CPU を使いこなすことができるようになりました。
%NProcShared=4
%LindaWorker=rigakubu01.toto.ac.jp,kogakubu02.teito.ac.jp:2
この例では、東都大学理学部の rigakubu01 と、帝都大学工学部の kogakubu02 を 2 番目のノ−ドとして、それぞれ 4 cpu を上限として、使用できることを指定しています。ここで、ユ−ザが、両ノ−ドの使用権限やセキュリティ−など、そのほかの設定をしておく必要があります。この例では、東都大学の rigakubu01 で、はじめにジョブを投入した例を示します。そのノ−ドが、一番目のノ−ドになります。
グリッドコンピュ−テイングとは違いますが、あらかじめ、いくつかのノ−ドを指定しておくことで、全体で、8 cpu, 16 cpu での計算が可能になりました。
今までは、TCP-Linda は、UNIX/Linux の対応のみでしたが、現在は、32 bit Windows にも対応しています。動作させるときのシステムエンジニア技術が必要です。ただ、メディアを契約して、インスト−ルすればすぐに動作するということではないと思います。環境設定、その保守が大事になります。Windows 対応の Linda も、かなり難しいようです。Windows を Linux のように、使いこなしていくようです。(more read)
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( 3 / 1697 )Monday, April 17, 2006, 09:53 AM
Gaussian 03 は、64 bit cpu, OS のもとで稼動させるのが、もっとも機能が発揮できるのですが、Gaussian 03 のプログラムは、John Pople 以来の古い Fortran でかかれているので、あたらしいコンパイラ−では、コンパイルできないということがおきています。
現在、Intel compiler で、Gaussian 03 は、商品的には、コンパイルできない状態です。ただし、ベンダ−では、コンパイルしているのは、OS などや Gaussian 03 のプログラムまでも、改良して、動作させている状態です。Gaussian, Inc. から ソ−スプログラムを購入して、大学の研究室で、コンパイルしようとしても、できないと思います。
いずれ、これらの問題点は改良されていき、商品化されていくものと思っています。現在は、AIX OS で、使用するのが、パフォ−マンスはよいのですが、価格が高くなっています。Gaussian, Inc. としての稼ぎのプログラムになっています。Intel 社は、ほかの IBM, HP 社とはちがう方針でやっていますので、今までどおりに、開発が進められていくかはわかりません。どこかの大学で、開発できたら、そのバ−ジョンが広まっていくのを待っているような状態です。
Intel 従来製品の Pentium 32 bit cpu においては、Gaussian 03 D は、きわめて安定に動作しています。このとき、PGI compiler がよく使用されているのですが、これがよかったのですが、今回の Itanium2 には、まだ対応していないようで、Intel compiler を使うようになったので、うまく行かなくなったのだろうと思います。企業的な、技術的な、ビジネス的な、いろいろな問題があるようですが、Gaussian 03 をコンパイル、リンクする技術はたいしたものではないのですが、現在の段階では一般的には公開されていない、つまり、コモディティ化していないということです。
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( 3 / 1441 )Monday, April 17, 2006, 09:29 AM
GaussView 4.0 の Gaussian 03 の解析デ−タの画像処理に、機能が加わっている。ポテンシャルエネルギ−表面が解析できる。従来のやり方だと、専門の研究室で、ソフトウェアが開発されていて、それがないと解析できなかった物理量が多かったのです。たしかに、Gaussian 03 で、一次的な計算値がでるのですが、今までは、総合的に、化学構造として、解析できなかったので、利用できなかったケ−スが多かったのです。
ただ、簡単に GaussView 4.0 が利用できるものではないので、かなりのトレ−ニングをつむ必要があると思う。このような、教育的なしくみを作らないと、高価なソフトを使い切れないと思います。
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