Wednesday, June 21, 2006, 06:07 PM
半経験的な分子軌道法、非経験的な分子軌道計算にしろ、タンパクの量子化学計算が行われている。共通の欠点がある。タンパクは、水分子を内部、外部に配置して、その高次構造が構築されていると考えられている。その水分子は、温度因子がああ効く、とどまってはいない。実際に、タンパク X 線構造解析では、水分子由来と思われる、多くの酸素原子の電子密度が見つかっている。
とくに、活性部位における水分子の動的な役割は、リガンド結合を考える上で、欠くことのできないことだ。水分子によって、新しいタンパク表面、活性部位の構造を形成されていると言っても過言ではない。このような、動的な水分子の座標を追跡、解析することは、分子軌道法ではできない。現在では、そのような計算法は、量子化学のテ−ブの上ではよいが、実際の生物学的な性質を説明できないであろう。まったくの無意味ではないが。少なくとも、座標最適化計算の結果は、ほとんど信頼性がないだろう。
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( 3 / 1439 )Thursday, June 15, 2006, 05:28 PM
MOPAC, Gaussian 03 量子化学計算ソフトの価格が、民間企業では、かなり高価になってきたようだ。大きな企業でも、数多くのセットを購入するわけではないので、高価になるのでしょう。
また、このような高価なソフトを使いこなす研究員も確保しなければならず、民間企業の研究所では、新入社員の教育に熱心なようです。分子設計では、必ず必要なものなので、そろえなくてはならないのです。しかしながら、MOPAC などの半経験的な分子軌道計算で計算した結果を評価するのが、難しいわけです。ふたたび、非経験的な計算でやらなければならないからです。ONIOM のように、部分的に経験的計算を含めて、全体で非経験的計算をやれば、よいのではないでしょうか。理論計算といっても、実験事実が計算できるものではなく、事実を理解するために、計算するわけですから、正確な計算と解釈が必要になるのです。
しばらく、MOPAC については、話しが聞こえてこなかったのですが、日本の量子化学研究ではどのような扱いになっているのでしょうか。いままで、Gaussian 03 を使い、ab initio 計算がすべてであると考えてきたので、MOPAC の計算結果をどのように評価するかは、難しい問題です。ただ、MOPAC の価格が高価になったのには、驚いています。
Gaussian 03 site
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( 3 / 1464 )Thursday, June 15, 2006, 11:50 AM
日本の大学で、量子化学の学生の卒業は少ないので、産業界には専門家は少ないようです。当社は、量子化学計算による物性解析の受託の開始をしました。企業の研究所では、オンデマンドの要求が多いのですが、実際はすぐには、対応できない状況です。機材と人材をそろえて、稼動させるまで、時間がかかります。不慣れな研究員の解析では、解析を誤る可能性が高いので、外部発注で確認しておく必要があるでしょう。
可視、紫外スペクトル計算、分子軌道解析、水素結合解析、NBO 解析など、多くのメニュ−があり、結果をすべて画像に出力して、企業内研究所、学会などのプレゼンテ−ションに使えるようにしました。
非経験的分子軌道計算プログラム、Gaussian 03, Gamess, Hondo などを使いこなしています。構造解析に特化したシステムを保持しています。画像処理プログラムは、あまた多く用意していますので、多様なニ−ズに答えられます。
物性解析受託サ−ビス
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( 2.9 / 1482 )Wednesday, May 24, 2006, 06:33 PM
Frank Weinhold 研究室の NBO 開発メンバ−によってまとめられた、NBO ver. 5 マニュアルは、大部です。今までの、蓄積された解析方法が説明されています。一部は、ソフトに添付されていますが、個別に購入することができます。$100 + 送料がつきます。ソフトとともに、購入されるのがよいと思います。
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( 3 / 1984 )Tuesday, April 18, 2006, 10:03 AM
いままでの、TCP-Linda では、Gaussian 03 は、Gaussian 03 を起動したノ−ドにおいて、各 CPU をつかった並行処理計算をしていましたが、Gaussian 03 Revision D からは、ノ−ドをまたいで、CPU を使えるようになりました。
たとえば、理学部のノ−ド、rigakubu01, 工学部のノ−ド、kogakubu02 としたときに、つぎのように、これらの CPU を使いこなすことができるようになりました。
%NProcShared=4
%LindaWorker=rigakubu01.toto.ac.jp,kogakubu02.teito.ac.jp:2
この例では、東都大学理学部の rigakubu01 と、帝都大学工学部の kogakubu02 を 2 番目のノ−ドとして、それぞれ 4 cpu を上限として、使用できることを指定しています。ここで、ユ−ザが、両ノ−ドの使用権限やセキュリティ−など、そのほかの設定をしておく必要があります。この例では、東都大学の rigakubu01 で、はじめにジョブを投入した例を示します。そのノ−ドが、一番目のノ−ドになります。
グリッドコンピュ−テイングとは違いますが、あらかじめ、いくつかのノ−ドを指定しておくことで、全体で、8 cpu, 16 cpu での計算が可能になりました。
今までは、TCP-Linda は、UNIX/Linux の対応のみでしたが、現在は、32 bit Windows にも対応しています。動作させるときのシステムエンジニア技術が必要です。ただ、メディアを契約して、インスト−ルすればすぐに動作するということではないと思います。環境設定、その保守が大事になります。Windows 対応の Linda も、かなり難しいようです。Windows を Linux のように、使いこなしていくようです。(more read)
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